Linosa si trova ad una latitudine compresa tra il 35° e il 36° parallelo e ad una longitudine tra il 12° ed il 13° meridiano.
Gode, pertanto, di un clima prettamente mediterraneo, con estati caldi ed inverni miti. L'isola, che è caratterizzata da scarse piogge, è frequentemente battuta da forti venti che, in particolare nel periodo invernale, condizionano molto la vita degli abitanti, specialmente per quanto concerne la navigabilità, la pesca e l'agricoltura.

Dati della stazione meteo di Linosa elaborati su Weather Underground: